El museo se distribuye en una superficie de 1.450m2, en los que se exponen más de 400 objetos e instrumentos musicales de la colección del MIMMA, que cuenta con más de 1.000 en su totalidad, y está dividido en las siguientes salas:
Capilla: Este primer espacio de bienvenida supone una toma de contacto con la historia de la música occidental. Mediante un audiovisual realizado con sombras chinas, se hará un recorrido a través de los hitos más representativos de la música occidental.
Laboratorio: El laboratorio cuenta con distintos experimentos que ayudan a comprender los conceptos más básicos y relevantes de la física del sonido, tratando el cómo se produce el sonido, medios por los que viaja o la afinación pitagórica, entre otros.
Orígenes: Destinadas al origen de la música. Este espacio expositivo se remonta a los inicios de los instrumentos musicales. Éstos se dividen en tres épocas Paleolítico, Neolítico y Antigüedad, por lo que se podrá ver la antiquísima historia que poseen instrumentos que se siguen utilizando actualmente.
Folklore de Europa: En este espacio se podrá conocer el folklore malagueño con los verdiales y el flamenco o la rondalla, una de las agrupaciones más características de nuestro país. Posteriormente se hará un recorrido por el mediterráneo conociendo diferentes lugares a través de su música. Este recorrido europeo terminará con la Europa insular, Suiza y los países del este.
Banda: Las bandas militares o de marcha comenzaron siendo principalmente unos instrumentos intimidatorios. Los combatientes pretendían que un sonido les representase a largas distancias y así amedrentar al enemigo antes incluso de aparecer ante ellos. Este concepto va evolucionando hasta que estas mismas agrupaciones comienzan a tener otros usos, normalmente festivos. Por su importancia histórica y social se le ha reservado un lugar en este museo. Se podrán conocer los diferentes instrumentos que integran estas agrupaciones, sus historias individuales y su importancia colectiva.
Occidente: Sin duda cuando se habla de instrumentos de música son los instrumentos occidentales los que acuden a la mente. En esta sala instrumentos como el piano, cuarteto de cuerda (violín, viola, violonchelo y contrabajo) o armonio serán los protagonistas. Además, en este espacio, el museo pone a disposición de los visitantes instrumentos como el violín o el piano para la experimentación.
Pasarela: En este espacio está representada la imagen de las musas, de las que sale la inspiración para lutieres, intérpretes o compositores.
África, Asia, Oceanía y América: África, Asia, Oceanía y América, son continentes que quizás nos son lejanos geográficamente, pero son muchos los factores que nos los hacen tener más presente de lo que incluso pensamos. Una de las principales motivaciones de este espacio no es sólo dar a conocer la importancia de su música, sino el mostrar cómo esa música ha llegado a ser importante por la forma de vida de las personas que la interpretan. Mediante estos instrumentos se podrá conocer la historia de la población que se encuentra tras ellos. dentro de una galaxia musical. Las audiciones están ordenadas según sus características musicales.
Terraza y Patio “Conde de las Navas”: Este espacio exterior se utilizará de forma polivalente para distintas actividades que organice el Departamento de Actividades y Educación del MIMMA.
Sala de Muralla: Al igual que en su anterior ubicación en la Plaza de la Marina, el MIMMA contará con restos de la muralla medieval, en este caso un lienzo de la muralla que cerraba la zona norte de la ciudad, en el tramo comprendido entre las Puertas de Granada y de Buenaventura, correspondiente a tres fases constructivas distintas: la obra original del siglo XI, una nueva estructura defensiva levantada en época almohade (siglo XII) sobre los restos de la muralla anterior, y un fragmento reconocido como perteneciente a la reforma de Yusuf I (siglo XIV). Además, bajo el lienzo se localizan muros de una ocupación de época romana, anterior al siglo III d.C., mientras en la parte superior se aprecia la medianería construida en el siglo XVIII utilizando la muralla como base.
Sala Living Lab_Música Electrónica y Mecánica: Este espacio está concebido como un laboratorio viviente, basado en un modelo participativo, interactivo y dinámico, en el que las experiencias de los visitantes servirán de ayuda o muestra para nuevas iniciativas dentro del museo. Como parte de la exposición permanente albergará la música mecánica y sonidos grabados. También podrá acoger actividades cumpliendo la función de salón de actos.